庆元元年  1195年  66岁 三月，磨勘转朝奉大夫。六月，草拟封事数万言，极陈奸邪蔽主之祸，门生屡次进谏无效，蔡元定卜卦得“遯”之“家人”。朱子焚谏稿，改号“遯翁”。十二月，以屡辞职名，诏依旧充秘阁修撰，提举南京鸿庆宫，罢去侍讲职衔。 　　庆元二年  1196年  67岁 三月，朱学被诬为“伪学”。庆元党禁开始。十二月，沈继祖疏奏朱子十大罪，削秘阁修撰并罢祠南京鸿庆宫。 　　庆元三年  1197年  68岁 正月，与蔡元定会宿寒泉，相与订正《参同契》。十二月，《韩文考异》成。十二月，被列入朝廷诏定的“伪学逆党”籍。 　　庆元四年  1198年  69岁 十二月，申尚书省乞致仕。《楚辞集注》成。 　　庆元五年  1199年  70岁 四月，奉旨致仕，开始用野服见客。六月，致仕告家庙。十二月，迁朱松墓于寂历山。致书辛弃疾，以“克己复礼”相勉。 　　庆元六年  1200年  71岁 正月，考亭陈氏修建聚星亭，为其设计聚星亭画屏，作《聚星亭画像赞》。三月八日，手书黄榦告诀，以道相托，收拾《礼书》文字。初九午时卒于考亭。十一月葬于建阳县唐石里之大林谷。